靶向蛋白降解（TPD）利用细胞机制来消除与疾病相关的蛋白质。基于CRBN的降解剂迄今为止取得了最大的临床成功。一个关键挑战是表征新底物降解的特异性。新底物是指因降解剂诱导CRBN发生构象变化，而成为降解靶标的蛋白质。对于PROTAC而言，新底物是非靶标风险；而对于分子胶，它们则是预期的目标。无论哪种情况，选择性都很重要，因为对多种新底物的非选择性降解会带来安全风险。蛋白质表达和细胞背景因细胞类型和疾病状态而异。因此，在与疾病相关的细胞系中进行谱系分析至关重要。

剂量-反应图显示，在用 SJ 6986 处理 3 小时后，五种细胞系（Ramos、K562、HeLa、HEK293 和 Jurkat）中 GSPT1 的降解呈浓度依赖性。相对光单位（RLU）分数与 SJ 6986 浓度（µM）的关系。

剂量-反应图显示，在用 Iberdomide 处理 3 小时后，三种细胞系（Ramos、Jurkat 和 RL）中 IKZF1 的降解呈浓度依赖性。相对光单位（RLU）分数与 Iberdomide 浓度（µM）的关系。

剂量-反应图显示，在用 SJ 6986 处理 24 小时后，五种细胞系（Ramos、K562、HeLa、HEK293 和 Jurkat）中 GSPT1 的降解呈浓度依赖性。相对光单位（RLU）分数与 SJ 6986 浓度（µM）的关系。

剂量-反应图显示，在用 Iberdomide 处理 24 小时后，三种细胞系（Ramos、Jurkat 和 RL）中 IKZF1 的降解呈浓度依赖性。相对光单位（RLU）分数与 Iberdomide 浓度（µM）的关系。

使用 Lumit^® Immunoassays 量化多种细胞系中新底物的水平。在化合物处理 3 小时或 24 小时后，评估了各种非工程化细胞系中由分子胶介导的 GSPT1（图A）和 IKZF1（图B）的降解。在所有细胞系中，降解效力和最大降解率（Dmax）存在显著差异。

剂量-反应图显示，使用降解剂 dd-03-171 可选择性降解 BTK（靶点），同时对 SALL4 产生部分脱靶降解。图中展示的是相对发光值（RLU）与 dd-03-171 浓度（µM）的关系。

剂量-反应图显示，使用降解剂 SD-36 可选择性降解 STAT3（靶点），且未对其他 CRBN 新底物产生脱靶降解。图中展示的是相对发光值（RLU）与 SD-36 浓度（µM）的关系。

使用针对CRBN新底物的Lumit^®免疫分析评估CRBN降解剂的特异性。使用针对 5 种常见 CRBN 新底物的 Lumit^® Immunoassays 来测量靶向 BTK/IKZF1/IKZF3（左图）或 STAT3（右图）的基于 CRBN 的 PROTAC 引起的新底物降解情况。在使用双模态 BTK/IKZF1/IKZF3 PROTAC dd-03-171 处理 3 小时后，观察到 IKZF1 和 IKZF3 的靶点降解以及 SALL4 的部分脱靶降解。在使用 STAT3 PROTAC SD-36 处理 24 小时后，未观察到脱靶降解。用于谱系分析（profiling）的细胞系包括：HEK293（GSPT1）、Jurkat（IKZF1 和 IKZF2）、MM.1S（IKZF3）、PA-1（SALL4）、Ramos（BTK）和 K562（STAT3）。