胰凝乳蛋白酶长期以来作为胰蛋白酶的互补蛋白酶，在肽图谱分析和蛋白质组学中发挥着关键作用。然而，从牛胰腺中纯化的传统胰凝乳蛋白酶存在以下缺点：非特异性切割率高、易发生自体水解、依赖钙离子以及批次间性能不一致。这些缺陷使质谱分析工作流程变得复杂，特别是在受监管的生物治疗药物表征中。

我们的新型重组胰凝乳蛋白酶产品 rChymoSelect^™ MS GradeProtease，有效解决了上述所有痛点，并树立了新的性能标杆。该酶属于与传统牛源胰凝乳蛋白酶不同类别的胰凝乳蛋白酶样蛋白酶（Chymotrypsin-like Protease）。它由毕赤酵母（Pichia pastoris）表达并纯化至>98%的均一性，经过工程化改造以具备高特异性、稳定性和重现性。它能选择性地在酪氨酸、苯丙氨酸和亮氨酸的C端进行切割，同时避免在丙氨酸、甲硫氨酸、组氨酸、苏氨酸、缬氨酸、丝氨酸、甘氨酸等残基处发生非特异性切割。rChymoSelect^™ MS Grade Protease不在色氨酸后进行切割，从而能够准确分析色氨酸氧化，这是生物治疗蛋白中一种关键的翻译后修饰。

与传统胰凝乳蛋白酶相比，rChymoSelect^™ MS Grade Protease具有抗自水解特性，其稳定性不依赖钙离子，且不含胰蛋白酶污染。rChymoSelect^™ MS Grade Protease不仅仅是一种性能更优的胰凝乳蛋白酶；它更是首款专门针对质谱肽图分析和蛋白质组学应用而设计的重组胰凝乳蛋白酶，提供无与伦比的肽图谱质量和每次消化的一致性。

上图：rChymoSelect^™ MS Grade Protease减少非特异性切割，改善肽段分析。图A. 比较传统胰凝乳蛋白酶与 rChymoSelect^™ MS Grade Protease消化模型底物后所得的紫外（UV）色谱图。传统胰凝乳蛋白酶产生复杂的肽段混合物，包含大量半特异性和非特异性切割产物（蓝色箭头）。相比之下，rChymoSelect^™ MS Grade Protease产生的肽段图谱简化，特定切割峰的强度增加。图B. 基于质谱的切割特异性定量分析表明，传统胰凝乳蛋白酶在多个非预期位点进行切割。rChymoSelect^™ MS Grade Protease对苯丙氨酸（F）、酪氨酸（Y）和亮氨酸（L）表现出高保真度，同时避免在色氨酸处切割。

上图：rChymoSelect^™ MS Grade Protease在标准消化条件下表现出抗自体水解能力。超高效液相色谱（UPLC）色谱图显示，传统胰凝乳蛋白酶在50 mM Tris-HCl (pH 7.5)中于25°C孵育2小时后产生大量自体水解片段（蓝色箭头）。相比之下，rChymoSelect^™ MS Grade Protease在相同条件下保持完整，显示出增强的抗自体水解能力。

上图：rChymoSelect^™ MS Grade Protease通过避免在色氨酸后切割，简化了 panitumumab 中W311 氧化的分析。图中展示了经传统胰凝乳蛋白酶或 rChymoSelect^™ MS GradeProtease 消化后，含有 W311（panitumumab重链第 311 位的色氨酸）的肽段的质谱分析结果。传统胰凝乳蛋白酶会产生多个重叠的含 W311 肽段，使定量和保留时间分配变得复杂。相比之下，rChymoSelect^™ MS Grade Protease 产生更清晰的碎片模式，简化了数据解读，并提高了 W311 氧化的定量准确性。

什么是 rChymoSelect™ MS 级蛋白酶？

rChymoSelect^™ MS Grade Protease是一种重组胰凝乳蛋白酶（recombinant chymotrypsin），专为质谱肽图谱分析和自下而上的蛋白质组学工程化设计。该酶在毕赤酵母（Pichia pastoris）中表达，纯度高于 98%，以冻干形式供应，特异性切割酪氨酸、苯丙氨酸和亮氨酸位点。其设计旨在替代传统的牛胰腺来源胰凝乳蛋白酶，适用于需要高特异性和批次间一致性的工作流程。

rChymoSelect™ MS 级蛋白酶的切割位点有哪些？

rChymoSelect 在酪氨酸（Y）、苯丙氨酸（F）和亮氨酸（L）的 C 端进行切割。甲硫氨酸处的切割也可能发生，且具有蛋白质依赖性。它不在色氨酸之后切割，并且避免了牛胰凝乳蛋白酶常见的在非特异性位点（如丙氨酸、组氨酸、苏氨酸、缬氨酸、丝氨酸和甘氨酸）发生的切割。

rChymoSelect 会在色氨酸之后切割吗？

不会。与传统的牛胰凝乳蛋白酶不同，rChymoSelect 不在色氨酸之后切割。因此，每个色氨酸残基都会完整保留在单一肽段中，使色氨酸氧化能够被直接定量分析，而不会像传统牛源胰凝乳蛋白酶消化时那样，被分散到多个相互重叠的肽段中。这是选择 rChymoSelect 用于单克隆抗体和其他生物治疗蛋白氧化监测的主要原因。

为何将 rChymoSelect 用作胰蛋白酶的正交蛋白酶？

胰蛋白酶在赖氨酸和精氨酸处切割，当这些残基聚集时产生的肽段过短，而在富含芳香族氨基酸且缺乏赖氨酸和精氨酸的区域产生的肽段过长；这两种情况都可能导致质谱检测遗漏。相比之下，rChymoSelect 在芳香族和疏水性残基处切割。在帕尼单抗重链中，胰蛋白酶在残基 317 至 347 区域产生了不连续的覆盖，而 rChymoSelect 在该区域生成了一个单一的连续肽段。

rChymoSelect 如何改善色氨酸氧化分析？

由于 rChymoSelect 不在色氨酸后切割，氧化位点位于单一且定义明确的肽段内。传统牛源胰凝乳蛋白酶在帕尼单抗中会产生多个重叠的含 W311 肽段，这给定量和保留时间分配带来了复杂性。rChymoSelect 能产生更清晰的碎片图谱，简化数据解读，并提高对该关键产品质量属性的定量准确性。

rChymoSelect 是否具有抗自水解特性？

是的。在 50 mM Tris-HCl(pH 7.5) 中于25°C 孵育 2 小时后，传统胰凝乳蛋白酶产生了大量自体水解片段，而 rChymoSelect 保持完整。自水解片段会污染肽图并在消化过程中消耗酶活性。rChymoSelect 也不依赖钙离子，且不含胰蛋白酶污染，从而消除了牛源制剂中另外两个变异来源。

rChymoSelect 是否适用于受监管生物治疗药物的表征？

是的，仅限研究用途。牛胰凝乳蛋白酶的非特异性切割、自水解、钙依赖性以及批次间差异，正是那些使受监管的生物治疗药物表征变得复杂的缺陷，而 rChymoSelect 针对这些问题逐一提供了改进方案。请注意，当前的有限使用标签许可证仅允许用于研究；如需涵盖诊断、治疗或商业用途的供应及许可条款，请联系 Promega。

 rChymoSelect 以何种格式和规格提供？

rChymoSelect™MS级蛋白酶以冻干重组蛋白酶的形式提供，规格为 25µg 和 100µg。冻干形式支持长期稳定性，并允许根据您消化工作流程所需的浓度进行复溶。25µg 规格适用于方法开发和低体积肽图谱分析；100µg 规格适用于常规或更高通量的消化处理。

我应该将哪种蛋白酶与胰蛋白酶配对以扩展序列覆盖率？